ou se trouve le dossier des theme dans le ftp ?

[spyto]

Effectivement, la réponse est dans la question !
Les thèmes sont gérés par la panneau d'administration à travers le système des templates et d'édition des CSS qui permettent une souplesse de modifications infinie !

Si un template ou un CSS est modifié dans l'admin, la modification sera reportée à la fois dans les fichiers et aussi dans la base de données.

Agir dans l'autre sens autrement dit sans que le script "soit au courant" perturbera inévitablement le système.

La modification dans le FTP n'agira que sur les CSS de toute manière. Or ces CSS sont accessible exactement de la même façon depuis l'admin. Leur modification dans l'admin est alors cohérente.
L'inverse est source d'ennuis.

Les fichiers des thèmes sont dans le dossier /cache/themes. Le risque de se tromper de fichier s'il y a plusieurs thèmes est loin d'être négligeable.

Info donnée à vos risques et périls.
J'avoue ne pas comprendre pourquoi faire les choses à l'envers, l'édition des fichiers CSS via FTP est directement accessible depuis l'admin grâce à l'option "Edition en mode avancé". L'éditer depuis le FTP n'apporte rien de plus, sinon le risque de tout perturber !